政府の行政刷新会議は5月24日に行った事業仕分けで、厚生労働省所管の財団法人全国生活衛生営業指導センターの事業を取り上げた。このうち生活衛生振興助成費等補助金事業については、事業をいったん廃止し、より効果的な仕組みで行うべきと判断した。助成費は全国旅館生活衛生同業組合連合会（全旅連）など生活衛生関係団体に支出されている。
事業は旅館・ホテル、理容、美容、飲食業など生活衛生業の経営健全化による衛生水準の向上を目的に、厚労省から4億1800万円（平成20年度予算）の補助を受け実施しているもの。全旅連ではセンターからの助成を利用し、「旅館・ホテル安心安全検定試験」などを行っている。
会議では、厚労省とセンター側から事業の目的や必要性を説明。ただ、評価者側から事業の予算額の裏付けや、事業による効果の説明が不十分と指摘。効果が分からないまま国費を使い事業を行うことは適当ではないとして、廃止と結論付けた。
ただ、衛生水準の向上という目的は理解できるとして、評価結果に「説明責任を果たしつつ、政策目標を達成する上でより効果的な仕組みにより行うべき」との文言を付け加えた。
全旅連など生活衛生16団体は、全国生活衛生営業指導センターの機能と役割の廃止・縮減に反対する署名運動を現在行っている。
